1953. december 9-én született az amerikai Christopher városában, a szülei a helyi újság tulajdonosaiként dolgoztak. Apai oldalról horvátok az ősei, anyai ágon franciák, németek és angolok is található a felmenői között.
Tinédzserként erősen túlsúlyosnak számított, és egy nap elhatározta, hogy véget vet ennek. Onnantól kezdve négy hónapon át csak a Jell-O nevű zselés terméket fogyasztotta, ami ugyan édes ízű, de alacsony kalóriatartalmú. Sikerült így több mint 30 kilót leadnia, de a módszerét nem ajánljuk senkinek.
A színészi pályát egy másik későbbi hollywoodi sztár, Gary Sinise chicagói színtársulatában kezdte, és sokáig csak színpadi színészként tevékenykedett. Élete első mozifilmes szerepét az 1984-es Hely a szívemben hozta el, amiért rögtön Oscar-díjra is jelölték. De igazán híres filmsztár csak négy évvel később lett belőle, amikor a Veszedelmes viszonyok Valmontjaként megbabonázta a közönséget.
Hiába tartja mindenki az utóbbi évtizedek egyik legnagyobb színészének, és fűződik a nevéhez számos kiemelkedő filmes alakítás, sosem nyert el az Oscar-díjat. Sőt, még a jelölésig is csak két alkalommal jutott el, és utoljára már harminc éve a Célkeresztben révén.
Kétszer nősült meg, az első felesége a színésznő Gelle Headly volt 1982 és 1988 között, a házasságuknak pedig az vetett véget, hogy Malkovich félrelépett a Veszedelmes viszonyok forgatásán Michelle Pfeifferrel. A második házassága 1989 óta tart Nicoletta Peyrannal, akit az Oltalmazó ég forgatásán ismert meg rendezőasszisztensként, és aki a két gyermekének édesanyja is.
2002-ben indította el a Mrs. Mudd nevű saját divatmárkáját, ami számára maga is tervez kollekciókat. Így például a 2003-as Uncle Kimono és a 2010-ben piacra dobott Technobohemian szériák is az ő ízlését dicsérik.
2013 júniusában egy torontói utcán megmentette egy 77 éves járókelő életét, aki elbotlott, és olyan szerencsétlenül esett, hogy egy állvány elvágta a torkát. Az épp arra sétáló Malkovich sietett a segítségére, és ujjnyomásos vérzéscsillapítást hajtott végre rajta, míg ki nem értek a mentők.
Folyékonyan beszél franciául, és tíz éven át élt a családjával Franciaországban. A másik európai szerelme Portugália, ahol több filmet is forgatott, sőt egy lisszaboni étteremnek és éjszakai klubnak a tulajdonosa is.
A legújabb, Vendég a francia kastélyban című filmjét épp vetítik a hazai mozik, és John Malkovich 70 felett sem fog lassítani. Nem kevesebb, mint nyolc olyan film és sorozat szerepel a naptárában, amiben már biztosan látható lesz majd a következő években.
Portfóliónk minőségi tartalmat jelent minden olvasó számára. Egyedülálló elérést, országos lefedettséget és változatos megjelenési lehetőséget biztosít. Folyamatosan keressük az új irányokat és fejlődési lehetőségeket. Ez jövőnk záloga.